Tập đoàn đã đổi mới quản lý, đề ra định hướng chiến lược phát triển bền vững; ban hành các quy định, quy chế, hướng dẫn về phát triển KHCN; đề ra các chương trình KHCN trọng điểm.

Năm 2015, toàn Tập đoàn có 19 đề tài và 3 dự án, tương ứng với kinh phí đầu tư thực hiện là 62,367 tỷ đồng. Năm 2016, các đơn vị trong tập đoàn đã thực hiện 34 đề tài và 7 dự án, tương ứng với kinh phí đầu tư thực hiện là 135,922 tỷ đồng.

Bên cạnh các nhiệm vụ KHCN cấp Tập đoàn, TKV tích cực thực hiện và lồng ghép với chương trình KHCN và nhiệm vụ độc lập cấp Nhà nước, cấp Bộ...